از برجسته‌ترین خصوصیات نینجوتسو این است که بدن و جسم را پایگاه فکر و اندیشه می‌داند و کالبد آدمی را آموزش می‌دهد تا با آن روح را بسازد. اصول اصلی و اجرای تکنیک‌ها نیاز به سرعت، تعادل، تمرکز، قدرت و تنظیم زمان تنفس و کنترل آن دارد و بدون آن فاقد ارزش است.

 نینجوتسو ریشه در اثر کلاسیک نظامی چینی یعنی «سان تزو» دارد که توسط سان وو استراتژیست معروف سده پنجم پیش از میلاد به رشته تحریر درآمده‌است. این اثر در قرن ششم میلادی وارد ژاپن شد و به طور دقیق توسط دربار سلطنتی و خانواده‌های متخاصم مورد بررسی قرار گرفت.

تقریبا در قرن ششم میلادی (بودیسم) وارد ژاپن شد و منجر به درگیری بین كسانیكه می خواستند بودیسم را بصورت یك مذهب رسمی درآورند و كسانیكه از (شینتوایسم) بعنوان مذهب ملی طرفداری می كردند شد. بر طبق شواهد موجود پیشینیان نینجاهای ژاپنی از طرفداران بودیسم بودند و به همین دلیل یاغی نام گرفتند، آنها در اوایل قرن هفتم برای فرار از شكنجه مذهبیون و كشته شدن توسط نیروهای سلطنتی به كوهستانهای نزدیك كیوتو رفتند و بعدها (یامابوشی یا زاهدان كوهستان) نام گرفتند آنها فلسفه عارفانه خود را بر پایه واقع بینی عملی پایه گذاری كردند و برای حمایت از خود دانش و تمرین هنرهای رزمی و استراتژی نظامی را با ترس روانی و قدرتهای اسرارآمیز تركیب كردند تا بتوانند با نیروهای نظامی كم خود در دل دشمنان ترس ایجاد كنند.

یكی از رهبران یامابوشی ها تلاش كرد كه بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح ایجاد نماید كه نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سركوبی یاموبوشی ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی ها یا نینجاها به تكمیل فنون رزمی و جنگی خود كه بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می كردند بپردازند. در سال 1192 با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریكهای حرفه ای و نیروهای سری تبدیل شدند كه به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها) در می آمدند. در بین سالهای 1192 و 1333 بعد از میلاد تعداد مكتبهای نینجا به 25 مكتب با تكنیك های خاص خود رسید. در اكثر این سالها دو ایالت (كوگا و ایگا) در ژاپن توسط نینجاها اداره می شد.

خانواده های (هاتوری، موموچی، و فوجی بایاشی) از معروف ترین خانواده های نینجا بودند. از تحقیقات بدست آمده عقیده بر این است كه هنر رزمی نینجوتسو ریشه در قلب تاریخ كهن چین و ژاپن دارد، عقاید و نظرات فراوانی از شروع و گسترده شدن این هنر رزمی درجهان وجود دارد. هنر رزمی نینجوتسو با قدمت 800 ساله ریشه در تاریخ دارد و در حقیقت هنری است كه مسئولیت پذیری را می طلبد. یك هنرجوی نینجوتسو برای پیروز شدن نیازمند اصول اولیه است كه از جمله برخورداری از روحی قوی، قلبی آزاد، هوشی سرشار، روحیه مبارزه طلبی و شرایط روحی عالی و تمركز حواس میباشد . نینجاها یك سیستم و نظم خاص و دقیقی داشتند كه توسط یك رهبر كه به آن (جونین) می گفتند اداره می شد و به كسانی كه به نینجاها ماموریت می دادند (چونین) می گفتند. به طبقات پائین تر كه ماموریت انجام می دادند (جینین) می گفتند . جینین ها در واقع هیچگاه دستورات را بطور مستقیم از جونین دریافت نمی كردند بلكه چونین ها بعنوان واسطه بین جونین و جینین ها عمل می كردند و دستورات و پیامهای جونین را به جینین ها می رساندند.

جینین ها برای انجام ماموریت با طرز استفاده اغلب سلاحهای زمان خود آشنائی كامل داشتند و روانشناسی جامعه را بخوبی می دانستند و با همدیگر از طریق رمز ارتباط داشتند. اگر احیانا یك نینجا به دام می افتاد و اسیر می شد (كه بسیار كم رخ می داد) مردم او را زجر فراوان می دادند تا بتوانند اسرار آنها را بدست آورند. بعضی از خانواده های نینجا به دلیل جنگ داخلی (دایموها) به قدرت و نفوذ رسیدند و اغلب در مناطق ایگا و كوگا در شرق دریاچه بیواء اقامت گزیدند (ادا نبون اگا) كه می خواست تمامی نیروهای نظامی ژاپن را متحد نماید در سال 1581 ارتشی متشكل از 46 هزار نفر را به جنگ نینجاها كه 4 هزار نفر بودند، فرستاد.

در این نبرد نابرابر اغلب نینجاها كشته و یا اسیر شدند و آن تعداد كه توانستند، به كوه ها فرار كرده و با مردم كوهستان به تكمیل فنون مخصوص خود و هر چه كاربردی تر كردن آن پرداختند و هنرهای رزم خود را از پدر به پسر منتقل كردند.

برای اولین بار در ایران بوجین كان دوجو نینجوتسو (نینجا ) توسط استاد اكبر فرجی (کانچو)در زمستان 1369 در شهر كرج تأسیس شد. هم اکنون هنرهای رزمی نینجوتسو در اکثر استانهای کشور با تلاش و زحمات فراوان استاد برقرار می باشد. امروزه هزاران دختر و پسرجوان ایرانی كه شیفته و عاشق این هنر هستند در دوجوها در حال فراگیری  هنر رزمی نینجو تسو هستند و این مایه افتخاری بس بزرگ است.